免疫系统是生物体内一个能辨识出“非自体物质”（通常是外来的病菌）、从而将之消灭或排除的整体工程之统称。它能从自身的细胞或组织辨识出非自体物质（小从病毒，大至寄生虫）。

免疫器官包括骨髓、胸腺、淋巴结、脾脏、扁桃体及肠道淋巴组织等。免疫系统的功能主要有以下三大类：免疫防御、免疫监视和免疫自稳。

免疫功能低下；各类炎症；疱疹病毒感染；艾滋病；衣原体感染；真菌感染；病毒感染；过敏、食物过敏等；自身免疫性疾病；红斑狼疮；白癜风；强直性脊柱炎；类风湿等。

发病原理：主要包括自身免疫病和免疫缺陷病。自身免疫病是因为遗传因素和环境因素等，诱发自身免疫耐受状态被打破，或细胞调节异常的临床病症。免疫缺陷病是由遗传因素或其他因素等原因，造成的免疫系统先天发育障碍或后天损伤所致的综合征。

严重后果：（1）容易患肿瘤，也易出现哮喘等变态反应疾病，严重会影响生命；（2）存在自身免疫疾病时，也会引起肝、肾、心、肺等内脏系统出问题。

免疫系统疾病患者需要进行长期持续性治疗，以药物治疗为主，药物治疗不佳时还可以通过手术治疗及其他治疗（包括替代疗法和基因治疗）。

弊端：药物副作用大、服用周期长、效果不佳、风险性高、治标不治本。

南京鼓楼医院孙凌云教授团队项目“异体间充质干细胞治疗难治性红斑狼疮的关键技术创新与临床应用”获国家技术发明奖二等奖。该研究攻克了红斑狼疮治疗的世界性难题，该团队开展异体间充质干细胞治疗难治性红斑狼疮研究，已推广应用到 35 家省内外单位。

2021 年，中国医学科学院研究团队在 Cell Research 期刊发表的论文表明，间充质干细胞通过调节免疫微环境和促进组织修复，可以提高新冠肺炎患者的临床治疗疗效。